เมื่อเดือนกันยายน ปี ๒๕๔๑ เกิดอุบัติเหตุไฟไหม้ศาลทั้งหลัง เหลือแต่บันไดไม้ แต่เป็นที่อัศจรรย์ว่า องค์พระฤๅษี มิได้ไหม้ไฟ  ในปี ๒๕๔๔ นายไพบูลย์ เศวตมาลานนท์ หัวหน้าเขตฯทุ่งใหญ่ ได้หารือกับชมรมอนุรักษ์ป่าตะวันตก และเจ้าหน้าที่พนักงานที่ปฏิบัติหน้าที่อยู่ในผืนป่านี้ ตกลงร่วมกันดำเนินการบูรณะก่อสร้างศาลใหม่ ณ สถานที่เดิม ด้วยการสนับสนุนจากผู้เลื่อมใสศรัทธา และราษฎรที่อาศัยอยู่ในผืนป่านี้

ตำนานความศักดิ์สิทธิ์ของเจ้าพ่อ(ฤๅษี)ทุ่งใหญ่ เริ่มต้นเมื่อครั้งที่มีคณะข้าราชการใช้เฮลิคอปเตอร์เข้ามาลักลอบล่าสัตว์ป่าในเขตฯทุ่งใหญ่เมื่อปี ๒๕๑๖ สมัยนายเกษม รัตนไชย ทำหน้าที่หัวหน้าเขตฯทุ่งใหญ่คนแรกแต่ไม่สามารถดำเนินการยับยั้งจับกุมกลุ่มคณะล่าสัตว์ป่าได้ จึงได้ให้นายวสันต์ สวัสดิ์สาย ไปจัดหาเครื่องเซ่นไหว้เพื่อบนบานศาลกล่าวเจ้าพ่อ(ฤๅษี)ทุ่งใหญ่ และในที่สุดเฮลิคอปเตอร์ลำหนึ่งของคณะล่าสัตว์ป่าก็ไม่สามารถบินกลับถึงที่หมายได้ เกิดอุบัติเหตุตกลงที่อำเภอบางเลนจังหวัดนครปฐม จึงเป็นที่เลื่องลือเคารพศรัทธานับแต่นั้นมา